ABL Texcell Diagnostics publie une preuve de concept réunissant cinq tests en un seul séquençage

Cinq applications, 25 banques et 82,6 % de lectures sur cible

L'étude, signée Drali R. et al., a porté sur le regroupement de banques DeepChek issues de cinq applications en maladies infectieuses dans un même passage de séquençage, suivi d'une analyse bioinformatique propre à chaque pathogène au moyen du logiciel MicrobioChek.

Au total, 25 banques préparées à partir de 21 matériels distincts ont produit 39 962 528 paires de lectures, dont 82,6 % sur cible. Pour la tuberculose, les deux matériels de référence ont donné des interprétations de résistance concordantes avec les classifications attendues, et les 13 amplicons cibles ont atteint une couverture complète à au moins 100×.

Les 11 banques de la région pol du VIH-1 ont atteint 100 % de couverture à au moins 100×, contre 89,4 % à 91,1 % pour les deux banques de génome complet.

Les six banques de grippe ont couvert à 100 % les huit segments viraux, ce qui a permis l'attribution du sous-type et du clade HA, avec l'appui de l'outil Nextclade.

Pour le cytomégalovirus, six gènes ont été couverts en format simplex, mais la couverture en multiplex n'a été complète que pour cinq d'entre eux, ce qui souligne selon l'étude la nécessité d'évaluer la profondeur gène par gène.

En identification bactérienne par 16S complet, deux banques de référence ont livré des séquences cohérentes avec les organismes attendus, avec des limites reconnues au niveau de l'espèce.

Un passage unique, sans réplication ni gains de coût établis

Les auteurs avancent que réunir des tests complémentaires dans un même passage pourrait aider les laboratoires à coordonner l'usage des instruments et à rationaliser l'analyse en aval. Ils précisent toutefois que les bénéfices en temps, en coût et en performance clinique de routine restent à établir par des évaluations plus larges et répliquées.

La note scientifique jointe rappelle que l'essai repose sur un unique passage, sans réplication, et qu'il n'établit ni la reproductibilité analytique, ni la sensibilité ou la spécificité cliniques, ni des gains de délai ou de coût. Le statut réglementaire et l'usage en recherche dépendent de chaque référence produit et de chaque territoire.

La société, basée à Woippy, invite les laboratoires intéressés à la contacter au sujet de ses tests DeepChek, de sa préparation de banques compatible DNBSEQ (références 203A et 204A) et de son outil d'analyse MicrobioChek.